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Mit der Eröffnung des Berliner Hauptbahnhofs 2006 wurden große Teile des sogenannten Pilzkonzeptes für den Berliner Bahnverkehr umgesetzt. Das neue Bahnkonzept sieht sechs Fernbahnhöfe und vier Haupttrassen im Fernverkehr vor. Jeder Fernzug hält am zentralen Berliner Hauptbahnhof nahe dem Bundeskanzleramt.

Die Anfahrt der weiteren, folgend aufgeführten, Berliner Fernbahnhöfe ist größtenteils von der Herkunftsrichtung der Fernzüge abhängig.

Bahnhof Berlin Gesundbrunnen	stark frequentierter Umsteigebahnhof zwischen öffentlichem Personennahverkehr (RB, RE, S-Bahn, U-Bahn) und Fernverkehr (EC, IC, ICE)
Bahnhof Berlin-Lichtenberg	fast ausschließlich Regionalverkehr in nördliches und östliches Berliner Umland, einige Fernnachtzugverbindengen; mittels S- und U-Bahn Anschluss an Nahverkehr
Berlin Ostbahnhof	stark frequentierter Umsteigebahnhof zwischen öffentlichem Personennahverkehr (RB, RE, S-Bahn) und Fernverkehr (EC, IC, ICE); als ehemaliger Hauptbahnhof drittgrößter Bahnhof Berlins
Bahnhof Berlin-Spandau	Umsteigebahnhof zwischen öffentlichem Personennahverkehr (RB, RE, S-Bahn) und Fernverkehr (EC, IC, ICE); stärkster Busknotenpunkt Berlins
Bahnhof Berlin Südkreuz	stark frequentierter Umsteigebahnhof zwischen öffentlichem Personennahverkehr (RE, S-Bahn) und Fernverkehr (EC, IC, ICE); zweitgrößter Bahnhof Berlins

Durch das Pilzkonzept wurde erreicht, dass die Fernbahnhöfe an zentralen Punkten der Stadt liegen und eine gute Anbindung an den öffentlichen Personennahverkehr besteht. Durch Berlin Reisende können leicht umsteigen bzw. schneller die Stadt durchqueren.

Der einst für den Fernverkehr bedeutende Bahnhof Berlin Zoologischer Garten verlor mit Inbetriebnahme des neuen Konzeptes trotz großer Proteste seinen Status als Fernbahnhof. Am Bahnhof Zoo halten weiterhin Regionalzüge und er ist wichtiger Knotenpunkt für den öffentlichen Personennahverkehr.

Neben den Fernbahnhöfen verfügt Berlin über eine Vielzahl an belebten Regionalbahnhöfen mit ebenfalls guter Nahverkehrsanbindung.